При аренде имущества у госучреждения арендатор является налоговым агентом по перечислению НДС в бюджет с сумм арендной платы. После преобразования госучреждения в автономное учреждение при оказании услуг по предоставлению в аренду имущества субъекта РФ, закреплённого за данным учреждением на праве оперативного управления, исчисление и уплату в бюджет НДС должен осуществлять арендодатель имущества – автономное учреждение (Письмо Минфина РФ от 11.03.2012 № 03-07-11/66).