В случае приобретения товаров (работ, услуг) за счет средств федерального бюджета суммы НДС оплачиваются продавцам за счет средств федерального бюджета. Поэтому к вычету (возмещению) такие суммы не принимаются, предостерегает Минфин в письме от 12.01.12 № 03-07-11/05. Дело в том, что принятие к вычету сумм НДС, оплачиваемых за счет указанных средств, приведет к  повторному возмещению налога из федерального бюджета.

В письме отмечается, что средства, полученные организацией из федерального бюджета в виде взноса в уставный капитал организации, для применения НДС не  являются средствами федерального бюджета, из которых оплачивается НДС при приобретении товаров (работ, услуг). В связи с этим налог по приобретенным товарам (работам, услугам), оплачиваемым за счет указанных средств, принимается к вычету в общеустановленном порядке.