В случае когда работник организации в течение месяца работает и в обособленном подразделении, и в головной организации, налог на доходы физических лиц с доходов такого работника должен перечисляться в соответствующие бюджеты и по месту нахождения обособленного подразделения, и по месту нахождения головной организации с учетом отработанного времени.
Такое разъяснение дано в письме Минфина от 21.09.11 № 03-04-06/3-231.
