Федеральная налоговая служба, как и все другие государственные органы, сталкивается с проблемой коррупции — и глава ФНС М. Мишустин это признает.

Деятельность по борьбе с злоупотреблениями служебным положением основана на ряде документов: национальной стратегии противодействия коррупции, национального плана противодействия коррупции, а с последнего времени и на указе М. Мишустина. Данный указ вводит правило, которые до этого были утверждены в таможенной службе, а также в Министерстве финансов. Согласно нововведению каждый сотрудник налоговой службы обязан заявить о том, что его склоняли принять взятку, до конца следующего дня. Исключение существует только для командированных. Неисполнение данного правила повлечет за собой различные дисциплинарные меры: начиная выговором и заканчивая увольнением.

Налоговая служба имеет причины подходить к вопросу борьбы с коррупцией в своих рядах более чем серьезно. Во-первых, поскольку ФНС, как отмечает М. Мишустин, начала позиционировать себя как структуру сервисную, которая помогает платить налоги, необходимо быть предсказуемым, то есть понятным и в некотором смысле предсказуемым. Предсказуемость в данном случае означает то, что налогоплательщик должен точно понимать, что если он нарушает налоговое законодательство, то ФНС будет его проверять, он должен точно понимать по каким критериям его работу будут оценивать, какие у него есть возможности доказать свою правоту. Ситуация в этом отношении стала улучшаться, что, конечно, не делает работу налоговой службы более простой, но должно положительно сказаться на её имидже, поскольку требует от сотрудников ФНС значительного профессионализма.

Например, с 2009 г. досудебный аудит стал обязательной процедурой. В итоге количество возражений выросло на 170%, а жалоб — на 180%. Особенно часто жалуются на налоговое проверки, как выездные, так и камеральные: около 60% всех поступающих жалоб. И многие из них нередко приводят к тому, что налоговые выплаты сокращаются от 10 до 40%. Чтобы не допускать такого, чтобы на этапе проведения проверок собиралась вся необходимая и доступная доказательная база и был подписал указ антикоррупционный указ М. Мишустина.