Организация при составлении декларации по НДС в одном из разделов допустила ошибку. Была представлена уточненная декларация, на основании которой налоговый орган доначислил компании НДС. Суть спора состояла в том, что уточнялись данные, касающиеся расчета НДС по ставке 0%, но если произвести общий расчет налога, то к уплате не было необходимости начислять НДС.

Суды, рассматривавшие спор, так же пришли к выводу, что плательщики НДС представляют единую налоговую декларацию, в которой отражаются операции как облагаемые по соответствующим налоговым ставкам, так и не подлежащие налогообложению. В этой связи доначисление НДС должно производиться с учетом показателей всей декларации и недопустимо доначислять налог, исходя только из нарушений, выявленных по одному из разделов.

Определение ВАС РФ от 18 мая 2010 г. N ВАС-4051/10