В соответствии с подпунктом 68 пункта 2 статьи 346.25.1 НК РФ применять УСН на основе патента вправе индивидуальные предприниматели, которые занимаются частной медицинской практикой или частной фармацевтической деятельностью и имеют лицензию на указанные виды деятельности. Что такое фармацевтическая деятельность -- разъясняется в статье 4 Федерального закона от 22.06.1998 № 86-ФЗ.

Это деятельность, осуществляемая организациями оптовой торговли и аптечными учреждениями в сфере обращения лекарственных средств, включая оптовую и розничную торговлю лекарственными средствами и изготовление лекарственных средств. Следовательно, при реализации лекарственных средств через аптеки, предприниматели вправе применять патентную «упрощенку».

А вот реализация через аптеки иных товаров -- изделий медицинского назначения, предметов личной гигиены, минеральной воды, лечебного, детского, диетического питания, - фармацевтической деятельностью не является. Таким образом, под патент она не подпадает.