ИП, действуя неправомерно, знал о грядущем доначислении НДС и, соответственно, о переплате по УСН с самого начала, считали налоговики. И только при повторном рассмотрении дела в суде эту логику удалось сломать.

ИП применял УСН, но в ходе выездной проверки, охватившей 2016 и 2017 годы, налоговики решили, что право на спецрежим ИП утратил, и поэтому доначислили ему 37 млн рублей недоимки по налогам общей системы. Кроме того, назначили 4,5 млн рублей штрафов и примерно столько же начислили пеней.

ИП попытался обжаловать это в суде, но отбить удалось совсем незначительную сумму – только около 1,7 млн рублей недоимок по НДФЛ, а также соответствующие суммы пеней и штрафов.

После этого ИП подал уточнённые декларации по УСН с суммами исчисленного налога 0 рублей, а то, что было ранее по УСН уплачено, ИП надеялся зачесть в счёт доначисленного НДС. Речь шла о 3,5 млн рублей, Однако налоговики решили зачесть только 2,5 млн. Насчёт остального указали, что переплата образовалась за пределами трёхлетнего срока, поэтому в зачёте 1 млн отказали.

Суды поначалу с налоговиками согласились. Ведь, применяя УСН незаконно, создавая искусственные условия для сохранения права на УСН, ИП с самого начала знал, что фактически он должен применять общий режим. Знал ИП также, что то, что он платил в качестве налога по УСН, должно быть перечислено для уплаты НДФЛ и НДС. Следовательно, по мнению судов, о наличии переплаты по УСН истец знал с самого начала, с момента её образования, то есть с момента уплаты. По этой логике ИП, действительно, пропустил трёхлетний срок.

Однако после этого окружной суд отправил дело на новое рассмотрение. На втором круге ИП повезло в апелляции, где судьи пришли к выводу, что тот факт, что переплату не учли налоговики, не исключает возможность её учёта по решению суда. Судьи также отметили, что недоимка с пенями преимущественно погашена, соответственно, ущерба бюджету ИП не нанёс. Налоговое администрирование должно быть добросовестным, предполагать учёт законных интересов налогоплательщиков и недопустимость создания формальных условий для взимания налогов сверх того, что требуется по закону.

Моментом, когда ИП узнал о переплате, суд счёл момент вынесения налоговым органом решения, которым применение УСН признано незаконным, а не момент уплаты налога по УСН. Таким образом, срок не пропущен, и зачесть переплату можно. Это решение устояло в кассации (Ф04-1733/2022 по делу А75-10364/2021).