Загрязняющий природу объект захватывает территории двух регионов: куда платить
© anekdotov.net

Главный признак – регистрация объекта, а не направление грязных "выхлопов" от него.

Постановка на учет стационарного источника загрязнения, расположенного в пределах территории двух и более субъектов РФ, производится одним из территориальных органов Росприроднадзора по выбору лица, использующего такой объект.

Так что если источник загрязнения расположен на территории одного региона, но фактически "дымит" в сторону другого (или сбросы утекают в другой регион), то плата за негативное воздействие на окружающую среду вносится по месту госучета объекта (письмо природнадзора от 19 июня 2020 г. № АА-03-02-32/18933).