Работы были выполнены, но их стоимость оценена менее суммы аванса. Суды разъяснили, как в этом случае заявить вычет.

Одна организация заказала другой инженерные изыскания и разработку проектной документации на участок железной дороги. Сумма по договору превысила 1 млрд рублей. Аванс был перечислен в сумме 350 млн, на них был выставлен счет-фактура.

Однако затем по решению суда договор был расторгнут. Общая стоимость разработки проектной документации, которая по факту была передана заказчику и признана надлежащей, оценена судом в 337 млн. Заказчик настаивал на том, что подрядчик должен выставить счёт-фактуру именно на эту сумму. Причём, это должен был быть не корректировочный счет-фактура, а выставленный "с нуля" в замену тому, который выставлялся ранее на аванс.

Поскольку подрядчик этого делать не спешил, заказчик обратился в суд с требованием обязать своего контрагента выставить требуемый документ для того, чтобы получить вычет без претензий со стороны налоговых органов.

Однако суды отказали в удовлетворении такого требования (дело № А69-3703/2018) – счёт-фактура уже был выставлен и истцом получен. Установленная договором данная обязанность подрядчика признана судами исполненной, поскольку составлением этого документа исчерпан гражданско-правовой смысл этого условия договора. Ведь счёт-фактура необходим для налоговых правоотношений, а спор – гражданско-правовой, значит, иск выходит за рамки категории спора. 

Для вычета в данном случае достаточно имеющегося счёта-фактуры, а также документов, свидетельствующих об изменениях, то есть – решения суда. Именно оно докажет, что фактическая стоимость работ оказалась ниже суммы аванса. Счёт-фактура как таковой является не единственным документом, которым можно подтвердить право на вычет, указали суды.

С таким подходом согласился и ВС (определение 302-ЭС20-1657).