На Внешэкономбанк распространены положения подпункта 3 пункта 3 статьи 149 НК РФ, предусматривающие освобождение банковских операций от налогообложения НДС.
Также предусматривается, что при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются доходы в виде прибыли контролируемых Внешэкономбанком иностранных компаний. Данные положения применяются в отношении прибыли контролируемой иностранной компании, полученной за периоды, начинающиеся с 1 января 2016 года.
Кроме того, Внешэкономбанк наделен правом выдавать банковские гарантии, используемые в налоговых правоотношениях. При этом к нему не предъявляются требования, предусмотренные статьей 74.1 Налогового кодекса РФ.
Максимальная сумма одной банковской гарантии и максимальная сумма всех одновременно действующих банковских гарантий, выданных Внешэкономбанком, для принятия их налоговыми органами будут устанавливаться Правительством РФ.