Уплата налога в другом региона

ИП на УСН (доходы) в течение 2016 года был зарегистрирован в СПб, уплатил авансовый платеж в СПб, в 2017 году переезжает в МО, сдает декларацию за 2016 год в МО и уплачивает налог за год в МО.
На авансовый платеж налоговая провела межрегиональный зачет, с одного ОКТМО на другой, пока дело тянулось, насчитали пеней 30 тыс.
Но все платежи были уплачены в срок, просто разные ОКТМО.
Как отменить начисление пеней?

А вы декларацию правильно заполнили? С указанием разных ОКТМО в разделе 1? Тогда пишите письма в ИФНС с требованием убрать незаконно начисленные пени

указали неправильно, в декларации стоит 1 ОКТМО, в ИФНС МО сказали, что делить на 2 бюджета неправильно, т.к. смена налоговой произошла в 2017 году.
Уточненную декларацию подать пока не можем, был межрегиональный зачет, и питерский аванс перезачли в бюджет МО, если сдать уточненный расчет - будут снова пени. Опять писать заявление на обратный зачет? а потом подавать уточненку?

в ИФНС МО сказали, что делить на 2 бюджета неправильно, т.к. смена налоговой произошла в 2017 году.

Вам наврали. 
Но обратный зачем делать точно не надо, это абсурд. Надо требовать, чтобы пени убрали