Обособленное подразделение и затраты

У организации по факту имеется обособленное подразделение в другом городе, платится зарплата, оплачиваются все прочие затраты, сопутствующие реальной деятельности. Есть проблема, это обособленное подразделение не поставлено на учет по месту нахождения.
Вопрос, могут ли налоговые органы исключить затраты по данному подразделению и доначислить налоги на основании отсутствия постановки на учет?
Есть ли практика по этому вопросу?

Ничего оптимистичного по такой ситуации не видела.

письмо Минфина России от 22.09.04 № 03-03-01-04/1/55

в письме Минфина России от 16.02.05 № 03-06-05-04/35 приведено, что организация, состоящая на учете в налоговом органе по месту своего нахождения и имеющая обособленные подразделения на подведомственных другим налоговым органам территориях, обязана в установленном порядке встать на учет в этих налоговых органах. Этот тезис повторен и в письмах Минфина от 11.04.05 № 03-06-06-03/18 и от 07.07.06 № 03-01-10/3-149.

Таким образом, создав даже одно рабочее место на территории, подведомственной иной налоговой инспекции, организация в течение месяца должна подать Заявление о постановке на учет юридического лица в налоговом органе по месту нахождения обособленного подразделения...

Упомянутые документы необходимо представить в течение одного месяца после создания обособленного подразделения.
О создании обособленного подразделения организация должна уведомить также и налоговый орган по месту своей регистрации... Такое сообщение должно быть осуществлено в течение одного месяца со дня создания обособленного подразделения (п. 2 ст. 23 НК РФ).

Если организация нарушит срок постановки на налоговый учет обособленного подразделения, то налоговики вправе прибегнуть к штрафным санкциями, установленными статьей 116 НК РФ. При подаче требуемых документов по регистрации обособленного подразделения с опозданием не более 90 дней после окончания отведенного законодательством месяца, предусмотрен штраф в размере 5000 руб. Если же организация представит эти документы на 91 день после положенного срока или позже, то штрафные санкции увеличиваются вдвое и достигают 10 000 руб.
Помимо этого за нарушение срока регистрации обособленного подразделения на должностных лиц организации может быть наложен административный штраф в размере от 500 до 1000 руб. (п. 1 ст. 15.3 КоАП РФ).

Ведение деятельности созданным обособленным подразделением без его регистрации может усугубить положение. Налоговики вправе квалифицировать такое деяние как уклонение от постановки на учет в налоговом органе (ст. 117 НК РФ). А это в свою очередь, может повлечь наложение штрафных санкций в размере 10% от доходов, полученных обособленным подразделением до момента его регистрации. При этом сумма штрафа не может быть менее 20 000 руб. Если же подразделение вело деятельность более трех месяцев, то штрафные санкции возрастают до 20% доходов, полученных за это время. За такую деятельность увеличивается и размер административного штрафа. На должностных лиц организации в этом случае может быть наложен штраф в размере от 2000 руб. до 3000 руб. (п. 2 ст. 15.3 КоАП РФ).
...
В тоже время проведение определенной производственно-хозяйственной деятельности организацией в месте, отличном от указанном в её учредительных документах, судьями признается как деятельность, осуществляемая через обособленное подразделение (постановления ФАС Уральского округа от 09.01.03 № Ф09-2799/02-АК, ФАС Западно-Сибирского округа от 10.03.04 № Ф04/1209-235/А03-2004).
...
и так далее, источник -
[www.klerk.ru]

Ну своя родная налоговая вряд ли будет у вас что-то исключать, поскольку и доходы от этого подразделения тогда надо будет исключить, вся фишка если на вас наедет налоговая по ОП. Все суды и санкции как раз по этому вопросу, если мне не изменяет память - вроде 20% от выручки за непостановку на учет, штраф, пени, недоимка по НДФЛ, прибыль, вроде ЕСН. Но это только в случае если вас заловят.