Для НДФЛ на основании чего? На основании заявления можно? Работодатель должен проверить правильность цифр в заявлении? Это ведь проблемы физика в части НДФЛ будут, если он в заявлении сумму не верно поставит?
Компенсация предусматривает подтверждение расходов, т.е. первичку. А если документы потеряны и пишется заявление, то примерная сумма указывается и с нее НДФЛ полный. На заявлении резолюция руководства и есть утвреждение разумности.
Если гражданско-правовой договор, то профвычет по расходам, подтвержденным документами.