НДС при УСН

Некомерческая организация на УСН ошибочно выставила счет-фактуру с выделенным НДС.
Есть ли варианты неплатить НДС? ( клиент на уступку не идет)

Попробуйте объяснить им, что в свете последних разъяснений МИНФИНА у них эти расходы снимут с вычета, а за что счет-фактура? Это не может быть предпринимательская деятельность?

Вряд ли.П. 5 ст. 173 НК РФ гласит:

"Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется следующими лицами в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога:
1) лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога;
2) налогоплательщиками при реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению.
При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг)".

Если только вам не удасться уговорить контрагентов переписать с/ф.