ну да, придется платить
правда, есть возможность в суде уменьшить (смягчить, так сказать) сумму штрафа по разным причинам, например, если подобное нарушение впервые или в этом периоде отсутствовала предпринимательская деятельность, болезнь ....
есть подобные судебные решения
обратите внимание, что штрафуют не за все открытые счета, а только за те, которые соответствуют критериям п. 2 ст. 11 НК РФ
одно из многих:
По материалам дела организация не сообщила налоговому органу об открытии расчетного счета, в связи с чем налоговая инспекция обратилась в Арбитражный суд Новосибирской области с иском о взыскании штрафа в размере 5 тыс. руб. по п. 1 ст. 118 НК РФ.
Суд счел штраф правомерным, но снизил его размер до 100 руб. Свое решение суд обосновал тем, что у организации есть смягчающие обстоятельства. К таковым он отнес тот факт, что организация привлекается к ответственности впервые и что в рассматриваемом периоде она никакой предпринимательской деятельности не вела. Кассационная инстанция оставила решение без изменений
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 27.08.2002 по делу N Ф04/3101-1121/А45-2002.