Правильнее будет аннулировать ранее отраженную запись и поставить затем правильную сумму. Но если сделаете на разницу страшной ошибки не будет.
Единственное, что меня смущает: налоговики (правда, по полученным от поставщика счетам-фактурам) считают, что вычет можно отражать только в периоде исправления.
В Вашей ситуации речь не идет о с/ф, но не исключаю, что они применят счетфактурную логику (хотя это можно спокойно оспорить).
