При оплате счета неправильно выделили НДС. Насколько я помню в этом случае пишем письмо в наш банк с уточнением назначения платежа. Ничего не поменялось?
А зачем вообще в банк письмо относить. Они все равно назначение платежа поменять не могут. Нет, ну если кому-то хочется подарить 100 рублей Сберу, то пожалуйста.
Какое отношение банк вообще имеет к НДСу в платежке? Пишите письмо поставщику об уточнении платежа. Ставите у поставщика на своем экземпляре печать и подпись,что они приняли это к сведению.