Если у работника гибкий график, что ставить в табеле?

Предположим, один день у него отработано 10 часов, другой день - 6. Что ставить в табеле? "Я 10" и "Я 6"

А если у него день пропуска, а потом месяц - отработка согласно его заявлению на установление гибкого графика? что ставить в табеле на день этого пропуска?

День пропуска (если это не прогул) - ставить как выходной. В рабочих днях ставите часы, которые реально отработаны.

А если у него по итогам месяца не хватает часов?
Неявки по причинам заполняем или нет?

При чем здесь неявки по причинам, если у работника такой график.

Если работник может трудиться только в свободное время, запись в трудовом договоре может выглядеть так:
"Работнику установлен гибкий график работы со свободным графиком. В неделю работник обязан использовать непрерывный отдых продолжительностью 42 часа. Конкретное время работы, а также его начало и окончание определяются работником исходя из своих возможностей. Для учета часов работы работник оформляет (указать, какой документ). Оплата труда происходит за фактически отработанное время исходя из часовой ставки ______ рублей".