А Вы выписываете сф на начисленные %% по займам?

Аудиторы сказали, что на %% по выданным займам необходимо выставлять сф. Ну , допустим, раздельный учет худо-бедно и ведется в табличках и проч. А что теперь делать со сф и чем это грозит?

Вежливо поинтересуйтесь у Аудиторов - что именно Вы реализовываете в рамках 146 НК РФ.

Займ -не реализация. Объекта обложения НДС - нет.
Проценты по займу - так же отношения к реализации не имеют.

Считается, что %% по займам - это льготируемые опреации по НДС, соответственно необходим раздельный учет , раз, и освобождение от НДС не означает, что не нужны СФ.

Позвольте не согласиться. Ст. 149 озаглавлена "Операции, не подлежащие налогообложению" то есть НДС НЕ ОБЛАГАЮТСЯ. О льготировании в этой статье ничего не говорится. Хотя там и упомянуты займы. Как не облагаемые НДС. Но раздельный учет - действительно необходим. И, я просто уверен, Вы наверняка прописали его организацию в учетной политике.
Еще раз - 146 НК не содержит требования облагать займы НДС, которое ПОТОМ льготируется.

Далее п.1 ст.169 1. "Счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм налога к вычету в порядке, предусмотренном настоящей главой." Позвольте уточнить, что именно Вы предполагаете предлагать принять к вычету вашему контрагенту?

Таким образом.
1. Занижения базы - не имеем.
2. Обязанность выписывания с-ф более чем спорно.
Следовательно максимум что могут попытаться пришить п.126 НК но для этого надо
1. Решить положительно вопрос о необходимости выписывать с-ф
2. Решить, обязан ли налогоплательщик предоставлять документы - которых у него нет.

Могут применить ст. 120 НК РФ - грубое нарушение. Под грубым нарушением понимается и отсутствие с/ф. Но, как правильно отметил SPRIN, с/ф выписывается при реализации товаров (работ, услуг), имущественых прав. А предоставление займа - это не услуга.