на основании п. 4 ст. 170 Кодекса налогоплательщик обязан вести
раздельный учет сумм налога на добавленную стоимость по приобретенным товарам (работам, услугам), используемым для осуществления как облагаемых налогом, так и не подлежащих налогообложению операций. При этом при отсутствии у налогоплательщика раздельного учета сумма налога по приобретенным товарам (работам, услугам) вычету не подлежит и в расходы, принимаемые к вычету при исчислении налога на прибыль организаций, не включается.
За исключением следующего:
"Налогоплательщик имеет право не применять положения настоящего пункта к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов общей величины совокупных расходов на производство. При этом все суммы налога, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами используемых в производстве товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, предусмотренным статьей 172 настоящего Кодекса. (в ред. Федерального закона от 22.07.2005 N 119-ФЗ)".
Проще говоря, надо учитывать операции, облагаемые НДС по разным ставкам по-разному. Например, ввести несколько субсчетов учёта НДС...