1. Выставлять комитенту сф на свое комиссионное вознаграждение Вам не нужно, раз Вы на УСН. Вы обязаны предоставить отчет агента (ст.1008 ГК). Если договором предусмотрено - составляете акт на вознаграждение (без НДС). В договоре должно быть указано, что Вы применяете УСН, можно делать соответствующую приписку в акте. Но счета-фактуры составляют только плательщики НДС (ну еще налоговые агенты, к данному случаю это не относится). Вы не являетесь плательщиками НДС => не обязаны составлять счета-фактуры (на СВОЮ выручку, т.е. на вознаграждение).
Лучше всего в договоре комиссии прямо прописать, что Вы счета-фактуры (на вознаграждение) не выставляете, поскольку применяете УСН и не являетесь налогоплательщиками. Тогда вопросов не возникнет.
Надеюсь, Вы в этих сф написали "без НДС", а не 0%? Иначе могут быть проблемы.
2. А вот в отношении реализации Вашим покупателям ситуация другая. Согласно договору комиссии Вы здесь выступаете хоть и от своего имени, но в пользу комитента. И документы должны оформлять в соответствии с той системой налогообложения, которую применяет комитент. Если комитент - на ОСНО, значит, Вы в отгрузочных документах должны выделять НДС и должны составлять счета-фактуры на отгруженные товары (работы, услуги) с НДС. Фактически деньги, которые поступают Вам от клиентов - это не Ваша выручка, а выручка комитента. Вы как бы выставляете счета фактуры "за него". И должны указывать там цены, по которым продали товар.
3. Документ, который регулирует порядок выставления счетов-фактур, ведения книги покупок, книги продаж и журнала учета счетов-фактур - Постановление от 26 декабря 2011 г. N 1137. Там почти в каждом пункте отдельно отмечено, как и что нужно делать комиссионеру (агенту) и комитенту (принципалу).
- При реализации товаров покупателям Вы составляете счета-фактуры на отгруженный товар (с ценами, по которым отгрузили товар). В качестве продавца указываете себя (ИНН, адрес).
- Затем Вы сообщаете реквизиты выставленных счетов-фактур комитенту. Рекомендуется в договоре прописывать, в какой срок и в какой форме комиссионер должен это делать. Например, в течение 1 рабочего дня в виде реестра за день. Или в виде копии счетов-фактур.
- Комитент на основании полученной информации составляет "свои" счета-фактуры, которые заносит в свою книгу продаж и отражает у себя в учете. Комитент в этих счетах-фактурах указывать строго те данные, которые Вы указали в своих - суммы, покупателей, грузоотправителя и даже дату - только будет своя нумерация, а в качестве продавца он указывает себя (ИНН, адрес).
- Один экземпляр каждого сф комитент передает комиссионеру (т.е. Вам).
Нюансы:
- Если у Вас несколько отгрузок за 1 день, комитент имеет право выставить сводный счет-фактуру за этот день, датированный тем же днем.
- Как я понимаю, у Вас в основном розница. При реализации товаров за наличный расчет населению продавец счета-фактуры может не составлять, обязанности по выставлению сф считаются выполненными, если продавец выдал покупателю кассовый чек (п.7 ст.168 НК). Данная норма распространяется и на комиссионеров (Письмо Минфина России от 17.03.2015 N 03-07-09/14183). Т.е. в принципе Вы по рознице имеете право не выставлять счета-фактуры. Однако сообщать комитенту реквизиты (чеков?) Вы все равно обязаны. Поэтому надо или все-таки составлять счета-фактуры, или согласовать с комитентом (в договоре) другой порядок "сообщения". Мне кажется, что проще выставлять счета-фактуры ( с прочерками в графе Покупатель, Письмо Минфина от 25.05.2011 N 03-07-09/14).
4. Книгу продаж и книгу покупок Вы не заполняете. Если бы Вы были на ОСНО, Вы все равно туда выписанные клиентам и полученные от комитента сф не заносили, только сф на комиссионное вознаграждение. Но т.к. Вы на УСН, у Вас там вообще ничего не будет. Проводки по НДС в бухгалтерском учете никакие не делаете.
5. А вот с журналом учета сф все по-другому. "Обычные" фирмы теперь этот журнал не ведут вообще. Но с 1.10.14 это журнал предназначен как раз для налоговых агентов и комиссионеров (агентов). Выставленные покупателям сф Вы заносите в часть 1 журнала, а полученные от комитента - в часть 2.