Ставка НДФЛ при многообразии видов доходов и общей сумме дохода свыше 5 млн

Впала в ступор.

Ситуация:
ФЛ в 2021 г. имело несколько видов доходов.
Условно: зарплата 6 млн руб. (код дохода 10), дивиденды 500 тыс. руб. (код дохода 01), %% по облигациям 100 тыс. руб. (код дохода 03).
При заполнении 3-НДФЛ выяснилось, что программа в личном кабинете налогоплательщика (https://lkfl2.nalog.ru/)  считает по 15% все скопом, что превышает 5 млн. т.е. не разбивая по видам налоговых баз.
 
Но я же точно помню, что 2021 и 2022 г. - переходные периоды, когда порог в 5 млн применяется к каждой налоговой базе отдельно. Т.е. дивиденды и %% по облигациям не подпадают под 15% в нашем случае. Проверила: 372-ФЗ от 23.11.2020 не менялся, русским по белому написано: 

Пункт 3 ст. 2 372-ФЗ
"В отношении доходов, полученных в 2021 или 2022 году, при исчислении налога на доходы физических лиц налоговыми агентами применяются налоговые ставки, установленные абзацами вторым и третьим пункта 1 либо абзацами вторым и третьим пункта 3.1 статьи 224 Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона), при соблюдении условий, предусмотренных указанными абзацами, применительно к каждой налоговой базе отдельно."

Значит, 15 % надо доплатить только с 1 млн (6-5 млн). Но программа в личном кабинете считает с 1,6 млн (1+0,6+0,1).
Но не может же алгоритм в личном кабинете противоречить закону? (вернее, не должен).

Где глюк? Кто сталкивался?
Ну я же правильно считаю, что с з/п (код дохода 10) надо заплатить 650 + 150 тыс. (5млн *13% + 1млн *15%)?
А с дивидендов и %% (коды доходов 01 и 03) по 13 %, т.е. 65 тыс. (500*13%) и 13 тыс. (100*13%), т.к. это отдельные налоговые базы?

У налогоплательщика еще инвестиционные вычеты по ИИС имеются, и с учетом этого глюка сумма к возврату превращается в сумму к доплате.
Помогите, пожалуйста, кто спецы по  заполнению 3-НДФЛ с многообразием доходов!

Приведенные ссылки на закон касаются налоговых агентов. Они пока не смотрят общую базу по физ.лицу, а разделяют ее в зависимости от видов доходов. 

А ФЛ как налогоплательщик и налоговые органы анализируют все доходы за год. Вроде в таком случае налогоплательщик должен получать из налоговой уведомление о необходимости доплатить налог (ну или в 3-НДФЛ это зафиксировать, здесь не скажу, что более первично). 

Хм...
Т.е. 9 пятимиллионных лимитов по 9 разным налоговым базам - это только при расчёте налога налоговыми агентами?
А затем налогоплательщику все пересчитывается на один пятимиллионный лимит с соответствующей доплатой до 15 %%?
Я тогда вообще не понимаю смысла п.3 ст.2 372-ФЗ. В чем тогда смысл переходного периода? Да и удерживать налог у налогового агента всегда проще, чем собирать потом.
Исправлений: 1; последнее - в 05.05.2022, 11:33.