ГенДир числится в двух организациях. В одной доходы в августе превысили 5 млн. Как считать НДФЛ в другой организации, в ней превышения скорей всего не будет, а всего за год получается превышение.
Организации считают НДФЛ совершенно независимо (т.е. как будто не знают о доходах в другой организации.
По итогам года налоговая сама посчитает по всем конторам в сумме и пришлет уведомление на доплату лично диру (декларацию при этом подавать не надо).