Проценты по полученному займу у филиала иностранной компании

Добрый день!
Вопрос такой (может быть у какого-то встречалось):
Есть две компании А и Б. Обе компании зарегистрированы на Кипре. Компания А является учредителем компании Б. Компания А выдала процентный займ компании Б.
Через некоторое время компания Б открывает на территории России свой филиала и передаёт филиалу помимо активов ещё и обязательства по займу. Соответственно, филиала компании Б ежемесячно начисляет у себя  проценты и выплачивает компании А.
Какие налоговые риски могут быть? Мы можем применять положения о контролируемых сделках налогового кодекса к филиалу? Может есть какие-нибудь письма, разъяснения.
Заранее спасибо!

Для начала нужно определить является ли этот заем, связанным с деятельностью постоянного представительства иностранной организации в РФ. То что передали, начисляли и перечисляете проценты не является определяющим.

Если связан, то этот заем должен использоваться на территории в РФ в деятельности, связанной с постоянным представительством. Например, при передаче активов постоянному представительству должно прямо следовать что этот актив куплен на этот заем, самый простой случай передали деньги и обязательство

Иначе это деятельность головного офиса ,а постоянное представительство просто перечисляет деньги, и тут возникает вопрос правомочности учета процентов в расходах для прибыли. 
Например, заем на 1 млн.евро, а имущества передали на 10 тыс евро в филиал, а остальная часть займа используется где-то там зарубежами.

А уж потом переходить к следующим этапам - к вопросу о "тонкой капитализации". 
Но в ст. 269 НК РФ прямо говориться "российская организация", а не "налогоплательщик" (куда входят постоянные представительства), в то время как глава 25 разделяет эти понятие

Вам посмотреть главу 14.1-1 еще нужно.