Уплата налога при исполнении обязанностей налогового агента по НДС

Добрый вечер! 
Организация оплачивала услуги 15-ти  иностранным фирмам. По данным выплатам организация признавалась налоговым агентом по НДС. Суммы были небольшие поэтому НДС получился с копейками. При составлении декларации каждая сумма была округлена до рублей, но оплачивался НДС по каждой операции с копейками.  В итоге получилась недоимка на несколько рублей. Конечно, оплатили. Но не очень понятно, что в данном случае надо было применять п. 6 ст. 52 НК РФ (округлять НДС до рублей по каждой операции)? Соответственно, и в счет-фактурах надо было округлять? 
      

нет, не надо было округлять НДС в счетах-фактурах (Письмо Минфина России от 05.03.2014 N 03-07-15/9519)

Кирилл, как быть тогда с уплатой налога? 15 организаций (выплат) и суммы НДС получились, например, 100,57 руб. по каждому контрагенту. В декларации по НДС 15 страниц и в каждой к уплате 101 руб. Получается, что если уплатить как в счёт-фактуре - 100,57 руб., то возникает недоимка в размере 43 копеек по каждому контрагенту. Итого 43 копеек*15 выплат= 6,45 руб. Конечно, это смешная сумма, но ведь так не должно быть. Как быть?

Владимировна
Кирилл, как быть тогда с уплатой налога? 15 организаций (выплат) и суммы НДС получились, например, 100,57 руб. по каждому контрагенту. В декларации по НДС 15 страниц и в каждой к уплате 101 руб. Получается, что если уплатить как в счёт-фактуре - 100,57 руб., то возникает недоимка в размере 43 копеек по каждому контрагенту. Итого 43 копеек*15 выплат= 6,45 руб. Конечно, это смешная сумма, но ведь так не должно быть. Как быть?

я бы сразу по каждой покупке платил бы с округлением, т.е. по 101 руб. думаю, это самый простой вариант решения проблемы