НДС возмещение с 2013-1 кв 2014 в ут 1 кв 2016г

Правомерно ли ИФНС отказала в возмещении НДС по счетам-фактурам за 2013-2014 годы при подаче уточненной декларации за 1-й квартал 2016 года?
приобретенные ТМЦ израсходованны на строительство торгового центра введенного в эксплуатацию во 2 кв 2016г

Вычет НДС или возмещение из бюджета? Это разные категории.

Хрюкман,
 возмещение . ифнс мне перечислило с 2 кв 2014 по 1 кв 2016г,в 2013- 1кв 2014 отказало

2013 ушел в историю. прошло более трех полных лет со дня подачи соответствующей заявки.
На налоги также распространяется общегражданский срок исковой давности, 3 года.

Хрюкман,
      
  в 2013г мой крайний срок возмещения  1 кв 2016г согласно 
пункт 27 Постановление Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33:
 
 
В силу пункта 2 статьи 173 НК РФ положительная разница, образовавшаяся в результате превышения суммы налоговых вычетов над суммами налога, исчисленного по облагаемым операциям, подлежит возмещению налогоплательщику из бюджета при условии подачи им налоговой декларации до истечения установленного данным пунктом трехлетнего срока.
Поскольку указанной нормой не предусмотрено иное, налоговые вычеты могут быть отражены налогоплательщиком в налоговой декларации за любой из входящих в соответствующий трехлетний срок налоговых периодов.
При этом правило пункта 2 статьи 173 Кодекса о трехлетнем сроке подачи налоговой декларации должно быть соблюдено налогоплательщиком и в случае включения им налоговых вычетов в подаваемую уточненную налоговую декларацию.

и исковая давность в 2016г с 2013г

Вот именно. Все заявления о возмещении нужно было подавать в 2016 г. до истечения трех лет.
Наверно на дату подачи завления о возмещении НДС уже прошло 3 года.