Книга продаж у налогового агента

 Здравствуйте, уважаемые форумчане.

Посоветуйте пожалуйста, как правильно оформить в 1 с 8.3 следующую ситуацию. 

Наш контрагент (подрядчик) резидент Германии, немецкая компания, оказывала нам юридические услуги, местом реализации которых признана РФ. При оплата им инвойса (в евро) мы одновременно должны заплатить сверху НДС в размере 18 % по курсу в рублях на дату оплаты. В марте 2017 года я заплатил в бюджет НДС, а платеж этому подрядчику собственники бизнеса отозвали. Таким образом образовалась переплата по НДС. На тот момент думали, что закрывающий акт будет выписан в марте. В 1 квартале в книге продаж отражена счет-фактура налогового агента на первоначальную сумму. После переговоров закрывающий акт был выписан апрелем, акт включил в себя дополнительные услуги и сумма увеличилась. Я доплатил в бюджет разницу как НДС по акту на дату акта минус заплаченный ранее НДС одновременно с оплатой подрядчику. 
Мне нужно  сторнировать ошибочную счет-фактуру в 1 квартале, подать уточненку за 1 квартал, и отразить во 2 квартале счет-фактуру на полную сумму. Поскольку у нас раздельный учет, выручка в рамках этого проекта без НДС, в книге покупок вычет отражать не нужно, а нужно отнести начисленный НДС на себестоимость. 
Пробовал сторнировать счет-фактуру через операции, введенные вручную, не получается. 
Посоветуйте пожалуйста, как это корректно оформить в 1 с 8.3 с документами и проводками.

Заранее спасибо.