1) НДС начисляется с ( таможенная стоимость + таможенная пошлина + акцизы)(п. 3 ст. 75 Таможенного кодекса Таможенного союза, п. 1 ст. 153, п. 1 ст. 160 Налогового кодекса РФ).
Таможенная стоимость = контрактная стоимость + расходы по доставке до места ввоза на таможен.террит.РФ + упаковка + брокерское вознаграждение +пр.
В БУ вы учитываете товар по фактической с/ти = контрактная стоимость + таможенная пошлина + таможенный сбор + прочее
2) Никакую счет-фактуру выписывать не надо. Регистрируете в книге покупок базу и НДС согласно ГТД и платежке. Как отражать в книге покупок: почитайте на что ссылаются в статье:
Правилами ведения книги покупок, применяемой при расчетах по НДС (разд. II Приложения 4 к Постановлению N 1137), несколько
изменен порядок отражения операций по ввозу товаров на территорию РФ. Теперь номер таможенной декларации надлежит указывать в
графе 3 "Номер и дата счета-фактуры продавца". В случае же ввоза товаров из стран Таможенного союза в этой
графе приводятся номер и дата
заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов с отметками налоговых органов об уплате НДС. Раньше эти данные отражались в графе 6 "Страна происхождения товара (цифровой код), номер таможенной декларации". Отметим, что в новой форме книги покупок
графа "Номер таможенной декларации" (графа 13) осталась. Но она теперь заполняется только при реализации товаров, ввезенных на территорию РФ, в случае если их таможенное декларирование предусмотрено таможенным законодательством Таможенного союза.
Вместо графы 3 "Дата оплаты счета-фактуры продавца" в книге покупок теперь присутствует
графа "Номер и дата документа, подтверждающего уплату налога" (графа 7). При ввозе на территорию РФ:
- товаров в ней указываются реквизиты документов, подтверждающих фактическую уплату таможенному органу НДС;
- товаров из стран Таможенного союза - реквизиты документов, подтверждающих уплату НДС в соответствии с
Соглашением от 25.01.2008 "О принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе" и
Протоколом от 11.12.2009 "О порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в Таможенном союзе".
Статья: Новизна в регистрах учета НДС (Малышко В.) ("Практический бухгалтерский учет. Официальные материалы и комментарии", 2014, N 12) {КонсультантПлюс}