В этом случае имеет место оплата проезда в отпуск, а не из командировки, считает Минфин.

Минфин ответил на вопрос об НДФЛ при оплате за работника стоимости проезда, если по окончании командировки он направляется в отпуск из места командирования.

Пунктом 3 статьи 217 НК предусмотрено освобождение от НДФЛ всех видов установленных законодательством компенсационных выплат (в пределах норм), связанных, в частности, с исполнением трудовых обязанностей, включая возмещение командировочных расходов, в том числе – на проезд до места назначения и обратно.

Если же работодатель оплачивает проезд из командировки не домой, а в отпуск, а потом из отпуска домой, то у работника возникает экономическая выгода в виде оплаты проезда в отпуск и обратно, облагаемая НДФЛ

Также Минфин добавил, что если невозможно выделить из общей стоимости авиабилета стоимость перелета от места работы до места командирования, то оплата пути в командировку не освобождается от НДФЛ (письмо от 04.10.19 № 03-04-06/76228).