Компания занималась поставками металлопродукции покупателям. Договорами поставки установлена обязанность поставщика организовать перевозку и расчеты по ней. Одновременно с оплатой продукции предусмотрено возмещение покупателями продавцу транспортных расходов. Продавец выставляет счет-фактуру на транспортные услуги, подписывает с покупателем акт возмещения транспортных расходов, а также предоставляет покупателю документы, полученные от перевозчика, счет-фактуру на транспортные услуги и акт об оказании транспортных услуг. 

В ходе выездной проверки инспекция установила, что полученные от перевозчика счета-фактуры налогоплательщик регистрировал в журнале полученных счетов-фактур и не регистрировал в книге покупок. На сумму возмещаемых транспортных расходов компания выписывала счет-фактуру, который не регистрировала в книге продаж. По результатам выездной проверки ИФНС доначислила НДС, пени и штраф.

Компания считает, что не должна исчислять НДС с сумм, полученных от покупателей в счет компенсации расходов на доставку товаров перевозчиком. Налогоплательщик указывает, что у него как у агента при организации доставки товаров покупателям отсутствует обязанность включать в налоговую базу выручку, полученную от доставки товаров.

Суды трех инстанций (дело № А26-3091/2017) признали законным решение инспекции, проанализировав условия договоров поставки и установив, что по своей сути договоры в части оказания транспортных услуг не являются агентскими. Затраты поставщика на организацию доставки продукции покупателям входят в общую стоимость продукции. Отчеты агента не представлены. В выставленные покупателям счета-фактуры на возмещение транспортных расходов включен НДС. Покупатели продукции принимали к вычету суммы НДС по возмещаемым транспортным расходам.

Кассация (Ф07-1778/2018  от 29.03.2018) указала: «денежные средства, полученные продавцом продукции от покупателя в качестве возмещения расходов на доставку товаров, подлежат включению в налоговую базу по НДС у продавца товаров».