В письме от 01.12.2017 № 03-02-08/79774 Минфин напомнил правило, установленное пунктом 7 статьи 45 НК: при обнаружении  ошибки в поручении на перечисление налога, не повлекшей неперечисления этого налога в бюджет на соответствующий счет Федерального казначейства, налогоплательщик вправе подать в налоговый орган заявление об ошибке с приложением документов, подтверждающих перечисление налога на соответствующий счет ФК, с просьбой уточнить основание, тип и принадлежность платежа, налоговый период или статус плательщика.

При уточнении платежа налоговый орган перерассчитывает пени, начисленные на сумму налога, за период со дня его фактической уплаты в бюджет на "правильный" счет ФК до дня принятия налоговым органом решения об уточнении платежа.

Таким образом, при обнаружении ошибочно указанной пени вместо налога в поручении на перечисление налога налогоплательщик вправе обратиться в налоговый орган с заявлением об уточнении указанного платежа.