Компания занималась управлением и эксплуатацией жилого фонда. В 3 квартале 2014 компания собственными силами и с привлечением подрядчиков занималась ремонтом в многоквартирных домах. Со стоимости оказанных подрядчиками услуг были заявлены налоговые вычеты.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в вычетах НДС, доначислила налог, пени и штраф, указав на непредставление заявления об отказе от льготы (согласно пункту 5 статьи 149 НК) в виде освобождения от НДС операций, отраженных в подпункте 30 пункта 3 статьи 149 НК (не подлежат налогообложению операции по содержанию и ремонту общего имущества, выполняемые управляющими организациями, при условии приобретения услуг у третьих лиц).

Суды трех инстанций (дело № А40-166034/2015) отменили решение инспекции, установив, что фактически налогоплательщик льготой не пользовался - приобретая работы и услуги у своих контрагентов и реализуя услуги, он облагал обороты НДС, а выставленные поставщиками счета-фактуры с выделенной суммой налога оплачивал в полном объеме и относил налог к вычету. Доказательств намерения применить льготу материалы дела не содержат. Претензий к счетам-фактурам, реальности операций, принятию на учет указанных работ, услуг, у инспекции не имелось.

Суды (постановление кассации Ф05-14697/2016 от 10.10.2016)  отметили, что спорная услуга для собственников жилых помещений оказывается управляющей компанией – налогоплательщиком (без указания на приобретение услуг у третьих лиц). При этом в единых расчетных документах данная услуга не разделена на составные части, из которых она состоит, а выставляется как комплексная услуга.

Апелляция отметила: «налогоплательщик вправе применять вычеты НДС, если им выставлены счета-фактуры по льготируемым товарам, работам, услугам и уплачен налог в бюджет. Это связано с тем, что отказ от льготы носит уведомительный характер».