Во время применения УСН с объектом налогообложения «доходы» компания приобрела основные средства. С 2012 года компания перешла на общий режим налогообложения, ввела основные средства в эксплуатацию и с февраля 2012 года начала учитывать в расходах амортизацию по этим основным средствам.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании налог на прибыль, пени и штраф, указав на неправомерность такого учета.

Суды трех инстанций (дело № А19-11212/2015) признали недействительным решение инспекции, указав на пункт 3 статьи 346.16 НК – налогоплательщики, перешедшие с УСН на общий режим налогообложения, вправе уменьшить полученные доходы на расходы на приобретение, сооружение и изготовление основных средств. Речь идет о налогоплательщиках, применявших объект налогообложения «доходы минус расходы».

В решении кассации (Ф02-4779/2016 от 13.10.2016) указано: «учитывая что Налоговый кодекс РФ не содержит норм, которые бы регулировали порядок определения в налоговом учете остаточной стоимости амортизируемого имущества, приобретенного во время применения УСН с объектом налогообложения "доходы", при переходе на общий режим налогообложения, рассматриваемая ситуация толкуется в пользу налогоплательщика, который не может быть ущемлен по сравнению с иными налогоплательщиками, которые при сходных обстоятельствах могут применять нормы об амортизации».

Ранее суды высказывали противоположную позицию, которой придерживался также и Минфин.