В письме от 20.07.16 № 03-11-11/42531 Минфин указал, что доход от реализации автотранспортных средств, используемых ранее в целях оказания услуг (независимо от срока нахождения транспортных средств в собственности ИП), в том числе если ИП применял ЕНВД, подлежит налогообложению в соответствии с общим режимом. ИП должен исчислить НДФЛ.

Имущественный налоговый вычет не применяется в отношении доходов, полученных от продажи недвижимости и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.

Таким образом, доходы, полученные от продажи транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности, подлежат включению в налоговую базу по НДФЛ без применения имущественного вычета.