В ходе выездной проверки ИФНС установила, что компания не исчислила НДС с полученных авансов в 1 квартале 2011 года. При этом НДС с реализации в 4 квартале был исчислен налогоплательщиком.

После составления акта проверки, но до вынесения решения компания сдала уточненную декларацию по НДС, полагая, что инспекция должна учесть и вычеты в 4 квартале. Налоговая отказала в вычетах, сославшись на пропуск трехлетнего срока для заявления вычета, предусмотренного статьей 173 НК. По мнению инспекции, вычеты могут быть произведены только по волеизъявлению налогоплательщика путем декларирования в установленный законом срок.

Суды трех инстанций (дело № А60-42458/2015) отметили, что по уточненкам инспекция имела право отказать в вычете, однако отменили ее решение. Суды сослались на пункт 8 статьи 171 НК - суммы налога, исчисленные налогоплательщиком с сумм оплаты, частичной оплаты, полученных в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг), подлежат вычетам. Согласно пункту 6 статьи 171 НК вычеты производятся с даты отгрузки соответствующих товаров (выполнения работ, оказания услуг). Возможность вычета НДС, исчисленного ранее к уплате в бюджет с полученной предоплаты, исключает двойное налогообложение одних и тех же сумм (определение КС от 21.05.2015 № 1034-О). Следовательно, применение налогового вычета является гарантией исключения двойного налогообложения.

Суды пояснили, что инспекция, правильно исчислив налог, подлежащий уплате в бюджет, не должна допустить двойного налогообложения. Кассация (Ф09-5692/2016 от 08.06.2016) отметила: «наличие у налогоплательщика права на самостоятельное применение налоговых вычетов путем их декларирования не освобождает налоговый орган от обязанности определения в рамках выездной налоговой проверки суммы налогового обязательства, действительно подлежащего уплате в бюджет».