В письме от 13.04.2016 N СД-4-3/6497 ФНС напомнила, что федеральным законом от 29.11.2014 № 382-ФЗ статья 172 НК дополнена пунктом 1.1. С 1 января 2015 года вычеты НДС, предусмотренные пунктом 2 статьи 171 НК, могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории РФ товаров (работ, услуг), имущественных прав или товаров, ввезенных им на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.

Президиум ВАС в постановлении от 19.05.2009 № 17473/08 сделал вывод, что понятие «налоговый период» связано не с моментом, в котором применяются налоговые вычеты, а с моментом, за который определяется налоговая база для целей уплаты НДС по операциям реализации.

Суммы НДС, предъявленные при приобретении товаров (работ, услуг), использованных для операций, облагаемых по нулевой ставке НДС, налогоплательщик вправе заявить к вычету на момент определения налоговой базы за исключением случаев, когда налоговая декларация подана налогоплательщиком по истечении трех лет после окончания соответствующего налогового периода.

Положение пункта 1.1 статьи 172 НК не изменяет порядок принятия к вычету сумм НДС, предъявленных при приобретении товаров (работ, услуг), использованных для операций, облагаемых по нулевой ставке НДС.