В письме от 29.02.16 № 24-15/019268 УФНС России по г. Москве указало, что если неправильное заполнение декларации по НДС повлекло занижение суммы налога к уплате в бюджет, то статьей 119 НК за непредставление в установленный срок налоговой декларации установлен штраф в размере 5% не уплаченной в срок суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30% указанной суммы и не менее 1000 рублей.

Кроме того, за представление налоговой декларации по НДС не в полном объеме (без раздела 7) налогоплательщик за непредставление сведений, необходимых для осуществления налогового контроля, может быть оштрафован на 200 рублей за каждый непредставленный документ в соответствии с пунктом 1 статьи 126 НК.