18 апреля 2014 года компания представила в инспекцию налоговую декларацию по НДС за 1 квартал 2014 года.

По результатам камеральной проверки инспекция признала неправомерными часть вычетов и уменьшила сумму налога, заявленную к возмещению. Инспекция указала на пропуск трехлетнего срока, предусмотренного пунктом 2 статьи 173 НК по счетам-фактурам, выставленным в 1 квартале 2011 года.

Суды трех инстанций (дело № А40-76918/2015) отменили решение инспекции, разъяснив, что трехлетний срок на предъявление налоговой декларации касается тех налоговых вычетов, право на предъявление которых возникло у налогоплательщика в налоговом периоде, отстоящем от налогового периода, в которым соответствующие вычеты были фактически предъявлены, более чем на 3 года. Сравнению подлежит дата окончания периода, в котором возникло право на применение вычета, и дата представления налоговой декларации (первичной или уточненной), в которой эти вычеты фактически заявлены.

В данном случае в качестве подтверждения получения документов в апреле 2011 года суды (постановление кассации Ф05-5072/2016 от 27.04.2016) признали отметки о дате получения на оборотной стороне каждого счета-фактуры, журнал учета полученных счетов-фактур за 2 квартал 2011 года и переписку с контрагентом.