В письме от 18.02.16 № 03-03-06/1/9188 Минфин напомнил, что при наличии обособленных подразделений региональная часть налога на прибыль уплачивается по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений исходя из доли прибыли, приходящейся на них.

Организация, в состав которой входят обособленные подразделения, по окончании каждого отчетного и налогового периода представляет в налоговые органы по месту своего нахождения налоговую декларацию в целом по организации с распределением по обособленным подразделениям.

Если организация и ее обособленное подразделение находятся на территории одного субъекта РФ, то налогоплательщик вправе принять решение об уплате им налога на прибыль в бюджет этого субъекта РФ за свое обособленное подразделение. При этом организация вправе представлять декларацию по налогу на прибыль в налоговый орган только по месту нахождения головной организации.