В письме от 26.01.16 № 03-07-11/2939 Минфин указал, что в соответствии с пунктом 3 статьи 161 НК при предоставлении госорганами имущества в аренду налоговая база по НДС определяется как сумма арендной платы с учетом налога. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы данного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.

В то же время согласно подпункту 4.1 пункта 2 статьи 146 НК выполнение работ (оказание услуг) казенными учреждениями не признается объектом налогообложения НДС.

Таким образом, услуги, оказываемые казенными учреждениями, в том числе по предоставлению в аренду муниципального имущества, не облагаются НДС, и арендаторы указанного имущества уплачивать НДС в бюджет не должны.

Согласно закону "Об общих принципах организации местного самоуправления в РФ" представительный орган муниципального образования и местная администрация как юрлица действуют на основании общих для организаций данного вида положений указанного закона в соответствии с ГК применительно к казенным учреждениям.

Исходя из изложенного и положений статьи 161 Бюджетного кодекса при применении законодательства о налогах и сборах следует принимать во внимание, что на комитеты по управлению муниципальным имуществом, входящие в структуру местной администрации (исполнительно-распорядительного органа муниципального образования), распространяются особенности правового положения казенных учреждений.