В письме от 01.02.16 № БС-4-11/1395 ФНС напомнила, что теперь крупнейшие налогоплательщики сдают 2-НДФЛ и 6-НДФЛ, в том числе в отношении физлиц, получивших доходы от обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений (отдельно по каждому).

Указанное право выбора не предусматривает возможности одновременного представления таких документов в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика и в налоговый орган по месту учета по обособленному подразделению вне зависимости от того, производятся ли выплаты организацией или подразделением.

То есть по всем доходам, выплачиваемым работникам, как организацией, так и обособленным подразделением, 2-НФДЛ и 6-НДФЛ надо представлять либо в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика, либо в налоговый орган по месту учета подразделения.

Вместе с тем, сумма НДФЛ, исчисленного и удержанного с дохода работника обособленного подразделения, должна быть перечислена в бюджет по месту постановки на учет организации по месту нахождения обособленного подразделения.