По результатам выездной проверки ИФНС установила невыполнение компанией своих обязанностей налогового агента, а именно: неперечисление исчисленного и удержанного с сумм выплаченного работникам организации дохода НДФЛ, доначислила НДФЛ, пени и штраф.

В возражениях на акт налоговой проверки компания указала на необходимость принятия к зачету суммы налога, перечисленной ею ошибочно в качестве налогового агента за физлиц, получивших доход по договорам купли-продажи долей компании. Поскольку налог с указанного дохода подлежал уплате физлицами самостоятельно (подпункт 2 пункта 1 статьи 228 НК), по мнению компании, у нее как у налогового агента образовалась переплата по НДФЛ, в связи с чем основания для доначисления налога отсутствовали.

Суды трех инстанций (дело № А33-13875/2014) признали решение инспекции законным, указав, что доначисление НДФЛ без учета имеющейся на момент вынесения этого решения по лицевому счету налогоплательщика переплаты по этому или иным налогам не является нарушением прав налогоплательщика и не может служить основанием для признания решения недействительным. Суды разъяснили, что переплата учитывается на момент принудительного исполнения решения о привлечении к налоговой ответственности путем вынесения налоговым органом решения о зачете имеющейся переплаты в счет исполнения обязанности по уплате налога.

Суды (постановление кассации Ф02-4587/2015 от 16.09.2015) отметили, что у инспекции отсутствовали основания для проведения зачета, поскольку у компании не возникло переплаты по налогу - получение физлицами дохода в виде действительной стоимости доли при выходе из состава участников не относится к случаям, перечисленным в пункте 2 статьи 226 НК (когда налоговый агент не обязан исчислить сумму налога с доходов налогоплательщика). Правоотношения между компанией и его участником при выходе последнего из числа участников не могут рассматриваться в качестве правоотношений, вытекающих из договора купли-продажи доли, поэтому к ним не могут применяться положения подпункта 2 пункта 1 статьи 228 НК (когда физлицо обязано исчислить и уплатить налог с доходов от продажи имущества). Таким образом, компанией правомерно фактически была произведена оплата долей, удержан и уплачен налог.