В письме от 01.09.15 № 03-03-06/50172 Минфин указал: в составе расходов, учитываемых в целях налогообложения прибыли, могут приниматься выплаты, предусмотренные законодательством РФ, коллективным и (или) трудовым договорами.

Основания для выплаты выходного пособия увольняемому сотруднику при расторжении трудового договора предусмотрены Трудовым кодексом в случаях ликвидации организации либо сокращения численности или штата работников организации. В случае расторжения трудового договора по соглашению сторон в соответствии со статьей 78 ТК выплаты не предусмотрены.

Тем не менее, согласно статье 57 ТК, если при заключении трудового договора в него не были включены какие-либо условия, эти условия могут быть определены отдельным приложением к трудовому договору либо отдельным соглашением сторон, заключаемым в письменной форме, которые являются неотъемлемой частью трудового договора.

Если выплата выходного пособия при увольнении работника по соглашению сторон предусмотрена допсоглашением к трудовому договору, которое является согласно законодательству его неотъемлемой частью, она может быть учтена в составе расходов, уменьшающих налоговую базу по налогу на прибыль.

Аналогичную позицию Минфин озвучивал и ранее.  С мнениями судов по этому вопросу можно ознакомиться здесь.