Между компанией (заказчиком) и подрядчиками заключены договоры. В подтверждение представлены платежные поручения, выписки из банка, а также счета-фактуры. Выполненные работы отражены в актах КС-2, а также на счете 60 «Расчеты с поставщиками и подрядчиками».

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, пени и штраф, признав операции формальными, и приняла обеспечительные меры в виде приостановления операций по расчетному счету компании. Инспекция сослалась на отсутствие у контрагентов расходов, характерных для ведения обычной деятельности, отсутствие у них необходимых условий для выполнения работ и подписание документов от их имени неустановленными лицами.

Суды трех инстанций (дело № А32-22827/2014) признали решение инспекции недействительным, установив, что контрагенты компании состоят на налоговом учете, своевременно представляют отчетность, фактов их участия в схемах уклонения от налогообложения не установлено. Суды отметили, что, делая выводы о нереальности спорных работ, инспекция не исследовала деятельность контрагентов, в частности, не учла привлечение ими субподрядчиков. Выписки о движении денежных средств по счетам контрагентов подтверждают наличие у них расходов, характерных для обычной деятельности (ГСМ, строительно-монтажные работы, промтовары и прочие).

Факт подписания отдельных счетов-фактур не руководителями контрагентов, а другими лицами с подражанием подписи руководителя, по мнению судов, не влечет вывод о необоснованном возмещении налога. Компания для урегулирования спора с инспекцией заключила со своими контрагентами соглашения о подписании дубликатов документов. Указанными соглашениями стороны подтвердили фактические правоотношения и правомочия лиц, подписавших ранее документы. В результате суды признали законными налоговые вычеты по всем счетам-фактурам.

Суды (постановление кассации  Ф08-4861/2015 от 17.08.2015)  также учли, что до подписания договоров истец запросил у контрагентов копии учредительных документов, а также свидетельства о допуске к определенным видам работ.