Между ООО «С» (субподрядчик), применяющим УСН, и ООО «М» (генподрядчик), применяющим ОСН, был заключен договор подряда. В рамках этого договора ООО «С» выставило счет-фактуру с выделенной суммой налога. Частично стоимость работ по договору была погашена проведением взаимозачета.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила ООО «С» налог по УСН, НДС, пени и штраф, указав, что компания неправомерно не учла при исчислении налоговой базы по УСН стоимость работ, погашенную зачетом. Кроме того инспекция указала, что налогоплательщики, не являющиеся плательщиками НДС, должны его уплатить в бюджет при выставлении счета-фактуры с выделенной суммой налога.

Суды трех инстанций (дело № А75-10231/2014) признали решение инспекции законным, установив, что доказательств признания недействительным зачета требований не представлено. Суды разъяснили, что с момента заявления о зачете денежное обязательство в счет оплаты выполненных работ считается прекращенным (статья 410 ГК), следовательно, компания должна была включить суммы произведенного зачета в выручку и в налогооблагаемую базу при исчислении налога по УСН.

Суды (постановление кассации Ф04-23393/2015 от 07.09.2015) разъяснили, что обязанность по уплате НДС возложена на лиц, не являющихся его плательщиками, при условии выставления покупателю счета-фактуры с выделением суммы данного налога (пункт 5 статьи 173 НК), поскольку именно счет-фактура служит основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг) сумм НДС к вычету.

В случае выставления фирмой на УСН покупателю счета-фактуры с выделением в ней НДС данная сумма подлежит уплате в бюджет не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом.