В письме от 9 июля 2015 г. N ЕД-4-3/11983 ФНС разослала разъясненния Минфина от 16 марта 2015 г. N 03-03-10/13805 об учете расходов НКО.

При определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, полученного в рамках целевого финансирования (подпункт 14 пункта 1 статьи 251 НК). При этом на налогоплательщиков, получивших средства целевого финансирования, возложена обязанность по ведению раздельного учета доходов (расходов).

Согласно пункту 2 статьи 251 НК при определении налоговой базы не учитываются целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно на основании решений госорганов, а также от других организаций и (или) физических лиц, и использованные по назначению. При этом получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов).

Учитывая изложенное, некоммерческая организация вправе учитывать в расходах для целей налогообложения прибыли затраты, соответствующие критериям, установленным статьей 252 НК. При этом расходы, произведенные за счет средств целевого финансирования и целевых поступлений, при формировании налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются.

Если налогоплательщик, применяющий в налоговом учете метод начисления, несет какие-либо расходы, относящиеся к нескольким видам деятельности, по которым ведется обособленный учет, то эти расходы распределяются с учетом положений статьи 272 НК. В частности, расходы, которые не могут быть непосредственно отнесены на затраты по конкретному виду деятельности, распределяются пропорционально доле соответствующего дохода в суммарном объеме всех доходов налогоплательщика.

Таким образом, если некоммерческая организация, применяющая в налоговом учете метод начисления, производит какие-либо общехозяйственные расходы (связанные как с деятельностью, которая ведется за счет целевых поступлений, так и с предпринимательской деятельностью), и при этом невозможно однозначно установить отсуствие связи этих расходов с деятельностью за счет средств целевого финансирования, то такие расходы не могут быть в полном объеме учтены в базе по налогу на прибыль от предпринимательской деятельности.

Отнесение подобных расходов в полном объеме к расходам, произведенным за счет средств целевого финансирования и целевых поступлений, при наличии обособленного учета допускало бы различное применение норм законодательства о налогах и сборах коммерческими и некоммерческими организациями, и в силу этого противоречило бы принципу равенства налогообложения. Таким образом, подобные расходы некоммерческих организаций между разными видами деятельности (включая виды деятельности за счет целевого финансирования и предпринимательскую деятельность) распределяются в соответствии с пунктом 1 статьи 272 НК.