В письме от 30 апреля 2015 г. № БС-18-6/499@ ФНС заявила, что не поддерживает идею закрепления в правовых актах права выбора хозяйствующего субъекта при выставлении и получении счета-фактуры в электронном виде использовать услуги оператора электронного документооборота или не использовать.

Во-первых, по мнению службы, без метки времени (подтверждения даты отправки, которое выдает оператор) счет-фактура теряет свою значимость.

Технологические документы, формируемые операторами ЭДО, как независимой стороной, являются документарным подтверждением факта обмена электронными счетами-фактурами при возникновении спорных ситуаций между налогоплательщиками и контролирующими органами, в том числе при их рассмотрении в судебном порядке.

Во-вторых, исключение операторов может привести к риску несоблюдения установленных форматов электронных документов и, как следствие, невозможности представления налогоплательщиками таких документов в налоговый орган.

ФНС также считает нецелесообразным закрепление механизма аннулирования счетов-фактур. Чиновники в качестве пояснений привели такие соображения: если счет-фактура был ошибочно зарегистрирован покупателем в книге покупок или продавцом - в книге продаж, то в книгу покупок или книгу продаж вносятся соответствующие изменения. Если ошибочно выставленный счет-фактура не был зарегистрирован покупателем в книге покупок или продавцом - в книге продаж, то для целей НДС такой счет-фактура приниматься к учету не будет.