Компания вела раздельный учет только по видам деятельности, облагаемым и не облагаемым НДС по общей системе, игнорируя расходы по операциям на ЕНВД. Налоговики и суды решили, что это неправильно.

Компания осуществляет несколько видов деятельности:

  • реализация автотранспортных средств, облагается по общей системе налогообложения, НДС по ставке 18%;
  • оказание услуг по гарантийному ремонту автомобилей, которое в соответствии с пп. 13 п. 2 ст. 149 НК освобождается от  НДС;
  • оказание услуг по ремонту, техническому обслуживанию и мойке автотранспортных средств, которое облагается ЕНВД.

При этом сумма расходов по гарантийному ремонту составляла менее 5% общей суммы расходов на приобретение активов по двум видам деятельности на ОСН.

По результатам выездной налоговой проверки компании было предложено уплатить НДС и соответствующие пени, на основании того, что компания, применяя "правило 5%", не брала в расчет суммы расходов по виду деятельности, облагаемому ЕНВД, и весь входящий НДС был принят к вычету.

Налоговики добавили к расчету суммы по приобретенным активам по деятельности на ЕНВД, что привело к тому, что расходов по необлагаемым НДС операциям оказалось более 5% от общей суммы расходов. Налогоплательщик вел раздельный учет по двум видам деятельности – реализации автотранспортных средств и гарантийному ремонту. С учетом этого налоговики решили, что не все суммы входящего НДС можно было принять к вычету. Поэтому возник НДС к доплате.

Компания не согласилась с таким расчетом и обратилась в суд (дело № А63-12167/2012). Арбитражный суд удовлетворил требования налогоплательщика, однако апелляция и кассация отменили решение первой инстанции, и подтвердили правильность расчета ИФНС.

Кассация указала, что арбитражный суд воспринял буквально толкование абзаца 9 п. 4 ст. 170 НК, который в проверяемый период звучал следующим образом: «Налогоплательщик имеет право не применять положения настоящего пункта к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов общей величины совокупных расходов на производство». Исходя из этого арбитражный суд взял за основу фразу: «расходы на производство товаров (работ, услуг)», указал, что перечень таких операций приведен в ст. 149 НК, является исчерпывающим, и в нем не указаны операции, облагаемые ЕНВД.

Подтверждая отмену решения суда первой инстанции, кассация указала следующее.  Из содержания абзаца 9 п. 4 ст. 170 НК следует, что при применении предусмотренного им правила учитываются все операции по реализации, которые не подлежат обложению НДС. Налогоплательщику не предоставлено право применять лишь некоторые из них, не учитывая остальные. Следовательно, необходимо рассчитывать долю расходов, приходящуюся на все виды деятельности, необлагаемые НДС. Расчет налогового органа был правильным.

Коллегия ВАС подтвердила решение кассационного суда и не нашла оснований для передачи данного дела для рассмотрения в надзорном порядке.