При выходе участника из ООО выплаченная ему действительная стоимость доли подлежит обложению НДФЛ на общих основаниях с полной суммы выплаченного дохода. В отношении таких доходов организация является налоговым агентом и обязана исчислить, удержать и уплатить НДФЛ.

Если подлежащая уплате сумма налога не была удержана налоговым агентом, исчисление и уплата налога производятся налогоплательщиком самостоятельно в соответствии с положениями ст. 228 НК РФ на основании налоговой декларации, представляемой в налоговый орган по окончании налогового периода, в котором был получен доход.

(Письмо Минфина России от 28.10.2013 № 03-04-07/45465)